Margherita nacque a Lautecour, nel dipartimento della Saone e Loira (Francia) il 22 luglio 1647, da Claudio Alacoque e Filiberta Lamyn, ferventi cristiani di buona situazione sociale ed economica.

Il 20 giugno 1671, a 24 anni, entrò nel monastero di S. Maria di Paray-le-Monial. Fin da piccola Margherita avversava ogni cosa che sembrasse offesa di Dio e fece il suo voto di verginità a soli quattro anni, senza intendere il pieno significato. Ma la sua attrazione verso la preghiera, il ritiro e il silenzio, nonostante la sua indole vivacissima, il suo amore verso l'Eucarestia, il suo interessamento dei poveri e sofferenti, dei quali cercava di alleviare le pene con ogni mezzo a sua disposizione manifestavano la strada scelta per lei dal Signore.

A otto anni perse il padre e venne a trovarsi, insieme alla mamma, alle dipendenze di alcuni parenti egoisti ed esosi, i quali, con continui e molteplici maltrattamenti le procurarono grandi sofferenze, in aggiunta alle malattie da cui era spesso colpita e alle penitenze che vi aggiungeva di suo.
Margherita sopportava tutto con pazienza e in atteggiamento di rispetto e di benevolenza verso i persecutori suoi e della mamma.

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Crescendo cedette alle attrattive della società che la circondava e che la sua posizione economica le permetteva di frequentare, quali ricevimenti, feste e ricercatezza nell'abbigliamento, ma, ciò che poteva essere naturale e scontato in qualsiasi altra ragazza, non era ammissibile in lei, chiamata ad essere soltanto del Signore, perciò fu ricondotta alla vita semplice e fervorosa di prima.
Intanto, la mamma e i parenti più stretti pensavano alla sua sistemazione con proposte concrete di matrimonio. Margherita, dopo qualche tentennamento, rifiutò decisamente tali proposte e fece conoscere la sua risoluzione irreversibile di farsi religiosa. Superate le difficoltà, soprattutto con la madre, seguì l'indicazione espressa del Signore di entrare nell'Ordine della Visitazione.

Margherita entro in Monastero già temprata nelle virtù e nella mortificazione, tuttavia dovette lottare contro la sua natura troppo sensibile e incline alle affezioni particolari. ma l'amore divino ebbe il sopravvento e, dal noviziato fino alla morte, la sua vita fu una continua ascesi verso la più intima unione con il suo diletto, che la ricolmò dei più elevati doni mistici.

Trascorso l'anno di noviziato, vi fu non poca esitazione da parte della Comunità di Paray-le-Monial nell'ammettere alla Professione quella Novizia straordinaria che batteva una via diversa da quella comune e semplice di ogni Visitandina.
Finalmente la profonda umiltà e perfetta obbedienza di Suor Margherita Maria debellarono ogni pregiudizio nei suoi riguardi, ed ella poté fare la sua Professione il 6 novembre 1672. Da allora in poi la neo professa brucia le tappe e la sua anima, inconsciamente, si prepara a ricevere sempre maggiori favori celesti, fino al giorno delle grandi rivelazioni del Sacro Cuore di Gesù, che la sceglie per una speciale missione nella Chiesa.